La mayor parte de los naufragios españoles en aguas de los Estados Unidos están situados en la costa Atlántica o en el Golfo de México. Son muy pocos los naufragios ocurridos en aguas del Pacífico norteamericano debido, entre otras razones, a que el tráfico marítimo en esta zona era mucho menor. Las flotas más voluminosas, las de Tierra Firme y Nueva España no navegaban por este Océano, de manera que solo hay naufragios pertenecientes a las naves de las primeras exploraciones de la costa de California o las que, desde el descubrimiento del tornaviaje, en 1565, hacían la ruta del Galeón de Manila uniendo este puerto filipino con el de Acapulco, en México.

Este es el caso del galeón San Agustín, de 130 toneladas y 83 hombres, a las órdenes del capitán portugués Sebastián Rodríguez Cermeño. Este barco partió el 5 de julio de 1595 del puerto de Manila con una doble misión. Por un lado, transportar mercancías de Oriente como porcelana china, cera o sedas, hasta el puerto de Acapulco que allí serían descargadas para ir por tierra hasta el puerto de Veracruz y, por otro lado, reconocer la costa Oeste para buscar lugares apropiados para refugio y fondeo seguro en esta ruta.

Cuando habían navegado ciento veinte días, avistaron tierra y continuaron su travesía paralelos a la costa hacia el sur, hasta llegar a una gran bahía que el capitán del San Agustín llamó Puerto de los Reyes, y que actualmente se conoce como bahía Drake, al noreste de la actual San Francisco.

Esta zona era territorio de los Miwok, con los contactaron e intercambiaron productos y mercancías durante los días que estuvieron fondeados en la bahía, hasta que una fuerte tormenta arrastró la nave contra la costa donde encalló violentamente hasta partir el casco. La mayor parte de la gente embarcada, tripulación y pasajeros, pudieron salvar la vida nadando hasta la costa, pero se ahogaron unas 12 personas.

Las mercancías y objetos personales esparcidos por la bahía tras el naufragio fueron motivo de disputa con los Miwok. Los supervivientes decidieron construir una embarcación y navegar con ella costeando hacia el sur. Sin agua y sin alimentos, el encuentro con un cetáceo varado en una playa les permitió recuperar fuerzas y continuar su travesía.

Por fin, el 17 de enero de 1596, llegaron a Chacala, actual Jalisco, después de unos 40 días de navegación costera con la pequeña embarcación. Entonces comenzaron las preguntas y las declaraciones ante las autoridades españolas que consideraron que Sebastián Rodríguez no había cumplido las misiones encomendadas por el virrey Luis de Velasco.

Actualmente, en los sitios arqueológicos de los poblados Miwok, sobre todo en las necrópolis, suelen aparecer restos de objetos de este naufragio, desde porcelanas chinas hasta clavos de hierro o cerámicas de mesa de la tripulación del San Agustín. Bajo el agua, los restos de este naufragio aún no ha sido localizados.

Barcos de esta flota