La Armada de Barlovento fue creada en 1635, aunque ya desde mediados del siglo anterior se evidenció la necesidad de establecer una flota permanente para la vigilancia del mar Caribe con sede en el puerto de Veracruz. A lo largo de los años, esta Armada tuvo la base también en otros puertos, como Cartagena de Indias, Santo Domingo, La Habana o San Juan de Puerto Rico.
La Armada del Mar del Sur fue creada por Felipe II entre 1578 y 1581, con dos misiones esenciales: por un lado, la vigilancia y protección de la costa del Pacífico y, por otro, el trasporte de plata del virreinato del Perú hasta el puerto de Perico, en Panamá.
La flota de Nueva España era la encargada de conectar la Península con la ciudad de Veracruz, en el Golfo de México. Partía desde España hacia Veracruz, haciendo escala en San Juan de Puerto Rico o en Santo Domingo y desde allí cruzaba el Caribe hasta la fortaleza de San Juna de Ulúa, frente a la ciudad novohispana de Veracruz.
Los Galeones de Azogue compartían la ruta con la Flota de Nueva España pero por el contenido y el valor de su carga, esta flota se diferenció de las flotas que unían la Península con Nueva España. El azogue o mercurio de las minas de Almadén (Ciudad Real, España) tan necesario para la limpieza de los metales preciosos dio nombre a esta flota.
Los galeones de Tierra Firme eran los encargados de conectar España con el Virreinato del Perú. Desde España navegaba hacia Panamá, primero a la bahía de Nombre de Dios y, desde 1598, al de Portobelo. El segundo puerto en importancia de esta flota era el de Cartagena de Indias.
La ruta del Galeón de Manila conectaba el puerto pacífico de Acapulco, en Nueva España, con el de Manila, en las Islas Filipinas. Allí se celebraban las ferias comerciales y desde allí se traían los productos orientales más demandados en América y Europa como sedas, porcelanas, marfiles y especias.